COMPOUND
未選択
2D 構造
- CAS
- —
- 分子式
- —
- 分子量
- —
- SMILES
- —
SEARCH
化合物を検索
英語名、日本語名、CAS 番号、SMILES、分子式を入力できます。英語名は入力中に候補が出ます。日本語名は内蔵辞書 → Wikidata → 機械翻訳の順に英語名へ変換します。
MOLECULAR MODEL
分子モデル
3D 構造
ドラッグ: 回転 / Ctrl: Y軸回転 / Shift: X軸回転 / Ctrl+Shift: Z軸回転 / 右ドラッグ: 移動 / Ctrl+ホイール: 拡縮
分子を読み込むと共役 π 系を判定します
マウス操作の説明
- 軸の呼び方
- マウス操作も X / Y / Z ボタンも、軸は画面基準です。X 軸 = 画面の横方向、Y 軸 = 画面の縦方向、Z 軸 = 画面の奥行き方向（手前↔奥）。分子を回しても軸は画面に貼り付いたままで、「軸を表示」の矢印も分子と一緒には回りません。
- 左ドラッグ（自由回転）
- マウスを動かした方向に分子が転がります。
- Ctrl ＋ 左ドラッグ（Y 軸回転のみ）
- 画面の縦軸（Y 軸）を中心に、地球儀を回すように左右だけ回ります。マウスの左右の動きだけが効き、上下に動かしても回りません。ドラッグの途中で Ctrl を押しても切り替わります。
- Shift ＋ 左ドラッグ（X 軸回転のみ）
- 画面の横軸（X 軸）を中心に、上下だけ回ります（手前に倒す / 奥に倒す）。マウスの上下の動きだけが効き、左右に動かしても回りません。
- Ctrl ＋ Shift ＋ 左ドラッグ（Z 軸回転のみ）
- 画面の奥行き軸（Z 軸）を中心に、時計の針のように画面内で回ります。マウスの左右の動きだけが効きます。左の 2D 構造式は、どの操作でも今の 3D の見え方に最も近い向きへ自動で回ります（裏側から見ているときは左右反転）。X 軸・Y 軸で大きく傾けると 2D では表せないので、2D 枠が薄くなり「3D が傾いていて 2D と対応しません」と出ます。「リセット」で 3D が 2D と同じ向き（分子平面が正面、置換基の位置も一致）に戻り、警告も消えます。
- 右ドラッグ
- 分子を画面上で平行移動します。回転や拡大率は変わりません。
- Ctrl ＋ ホイール
- 拡大縮小します。Ctrl を押していないホイールは何もしません（ページのスクロール中に誤って拡縮しないため）。表示を戻すには「リセット」を押してください。
- 共役系を表示
- 共役 π 系に入っている原子どうしの結合をピンクで塗り（原子の球は元素色のまま）、各原子の上下に p 軌道ローブを重ねます。Space Filling では結合が無いので原子の球をピンクにします。比較タブでも左右それぞれに同じチェックがあります。青くつながっている範囲が「電子が行き来できる範囲」です。対象は芳香環・C=O・C=C と、それに隣接する OH / OMe / NH₂ の O / N（孤立電子対を出す原子）。メチル基などの飽和部分は含みません。判定は結合次数（PubChem の構造）から行う単純な規則で、立体的なねじれによる共役の切れは考慮しません。
- X / Y / Z ボタン
- 「軸を表示」で出る画面固定の軸（X = 右、Y = 上、Z = 手前）を中心に、「回転角」で選んだ角度だけ回します。Ctrl / Shift のドラッグと同じ軸なので、ドラッグで回してからボタンを押しても向きは一致します。
COMPARE
2 分子を並べて見る
単体表示の化合物は、左枠が空のときに引き継がれます。3D のマウス操作は単体表示と同じです（説明は単体表示タブの「マウス操作の説明」）。
左枠は未選択
CID —- CAS
- —
- 分子式
- —
- SMILES
- —
ドラッグ: 回転 / Ctrl: Y軸 / Shift: X軸 / Ctrl+Shift: Z軸 / 右: 移動 / Ctrl+ホイール: 拡縮
右枠は未選択
CID —- CAS
- —
- 分子式
- —
- SMILES
- —
ドラッグ: 回転 / Ctrl: Y軸 / Shift: X軸 / Ctrl+Shift: Z軸 / 右: 移動 / Ctrl+ホイール: 拡縮
REFERENCE
このツールが利用している外部サービス
サーバーを持たず、ブラウザから直接これらの公開 API と CDN を呼んでいます。用途ごとに整理しました。
1. 入力を化合物（CID）に解決する
- PubChem PUG REST（名前 / CAS / SMILES / 分子式）
- 英語名と CAS 番号は
compound/name、SMILES はcompound/smiles、分子式はcompound/fastformulaで CID 候補を得ます。CAS 番号は PubChem の synonym として登録されているため name 経由で解決します。 - PUG REST ドキュメント
- MyMemory 翻訳 API（日本語名 → 英語名、最後の手段）
- 辞書にも Wikidata にも無い日本語名は、無認証の機械翻訳 API で英語名の候補を作って PubChem に問い合わせます。化学名の翻訳は外れることがあるため、この経路で見つかった場合は画面に「機械翻訳で検索しました」と表示します。それでも見つからないときは、その日本語名を「化合物 英語名」付きで Google 検索するリンクを出します。
- MyMemory API
- Wikidata（日本語名 → PubChem CID / CAS）
- 日本語名は PubChem に無いので、Wikidata の日本語ラベル検索（
wbsearchentities）で項目を探し、その項目が持つ PubChem CID（P662）または CAS 登録番号（P231）で PubChem に橋渡しします。 - Wikidata / MediaWiki API
- 内蔵辞書（日本語 → 英語名）
- リグニン・糖の熱分解生成物など主対象の日本語名は、Wikidata を呼ばずにツール内の対応表で英語名に変換します（
search.jsのJA_NAMES）。
2. 入力補完
- PubChem Autocomplete
- 英語名を 3 文字以上入力すると
rest/autocomplete/compoundに問い合わせ、候補を入力欄の下に出します。日本語・数値・SMILES と判定された入力では呼びません。 - Autocomplete ドキュメント
3. 化合物データを取得する
- PubChem 物性・別名・3D 座標
- 名前・IUPAC 名・SMILES・分子式・分子量は
property、CAS 番号はsynonymsから正規表現で抽出、3D 座標はSDF?record_type=3dを使います。3D 座標が PubChem に無い化合物は「3D データなし」と表示します。 - PubChem
4. 2D 構造式を描く
- RDKit.js（SMILES → SVG）
- 取得した SMILES からブラウザ内で構造式 SVG を生成します。WebAssembly 版の RDKit を CDN から読み込みます。
- rdkit-js
- PubChem PNG（フォールバック）
- RDKit.js の読み込みや SMILES 解釈に失敗したときは、PubChem が描画した PNG（
compound/cid/{cid}/PNG）を表示します。
5. 3D 分子モデルを描く
- 3Dmol.js
- PubChem の 3D SDF を WebGL で描画します。表示形式（Ball & Stick / Stick / Space Filling）、H 表示、軸まわりの回転、Ctrl / Shift による 1 軸ロック回転、共役系の色分けとローブの球は 3Dmol.js の API で実現しています（軸ガイドは画面固定の SVG）。
- 3Dmol.js
- 共役 π 系の判定（内蔵・
orbital.js） - 「共役系を表示」は外部サービスを使わず、3Dmol が持つ結合次数から二重結合を持つ原子と隣接する孤立電子対の原子を拾って共役 π 系を決めています。同じファイルに単純 Hückel 法（Van-Catledge パラメータ）の π 軌道計算も残していますが、HOMO / LUMO の表示は画面から外しています。
- Hückel method（Wikipedia）
6. ライセンス・利用条件
- PubChem
- 米国 NIH / NLM が公開するデータ。API は無認証ですが 1 秒あたり 5 リクエストまでの制限があるため、検索中はボタンを無効化し、補完は 300 ミリ秒の間隔を空けています。
- NCBI Policies